醫療級次氯酸鈉是一種高效氧化劑,在水中以次氯酸形態存在,次氯酸極不穩定,易分解出氧氣。醫療級次氯酸鈉溶液如果是中性,很不穩定,如果是酸性也不穩定,若是堿性,就比較穩定,所以常見的都是它的堿性水溶液。堿度不低于2到3%的溶液,可以儲存10至15天。堿度較小的溶液分解較快,并放出不穩定的次氯酸,次氯酸再分解而失去氯或氧。總的說來作為一種化學物穩定性一般較差,故不宜久貯。

儲存時應該密封避光只能降低它的分解速率,但放置的時間久了會分解完從而實現消毒殺菌的效果。所以醫療級次氯酸鈉一般都是即配即用。經過密封處理的醫療級次氯酸鈉可以保存3到5個月。